Zgodnie z zapisami art. 36 i art 37. ustawy z dnia 6 - listopada 2008 r. o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta (Dziennik Ustaw z 2009 r. Nr 52, poz. 417 z późn. zm.) pacjenci KPCP mają prawo do opieki duszpasterskiej i praktyk religijnych w kaplicach szpitalnych (ul. Seminaryjna, ul. Meysnera) oraz do kontaktu z kapelanem szpitalnym w salach chorych.
Posługę duszpasterską nad pacjentami Kujawsko-Pomorskiego Centrum Pulmonologii sprawują:
- Ks. dr Bronisław Kaczmarek; proboszcz parafii p.w. św. Trójcy w Bydgoszczy, Wikariusz Generalny Diecezji Bydgoskiej;
- Ks. Roman Grzegorz; proboszcz parafii p.w. Przemienienia Pańskiego w Opławcu.